Отдел организации научной работы и подготовки научно-педагогических кадров образован в соответствии с Директивой начальника Штаба тыла Вооруженных Сил Российской Федерации от 26.08.94 г. № 158/1/821.
На протяжении четверти века научная деятельность в учебном заведении представляет собой творческую и организаторскую работу, направленную на развитие военной теории и практики материально-технического обеспечения, Вооруженных Сил Российской Федерации в интересах повышения обороноспособности государства и является одним из основных видов деятельности института.
С целью углубления общетеоретической и военно-специальной подготовки научно-педагогических и научных кадров в 2005 году образована адъюнктура, а с 2018 года введена очная докторантура, которые вносят весомый вклад в подготовку научно-педагогических кадров.
В настоящее время подготовка адъюнктов осуществляется по двум специальностям: 20.01.07 – «Военная экономика, оборонно-промышленный потенциал» (экономические науки) и 20.02.17 – «Эксплуатация вооружения и военной техники, техническое обеспечение» (технические науки).
Адъюнкты во время обучения проводят занятия с курсантами высшего образования, набираясь педагогического опыта, ведь каждый из них станет впоследствии преподавателем. Такой подход к организации подготовки адъюнктов, который позволяет им использовать полученную педагогическую практику в своих диссертационных исследованиях и в дальнейшей научно-педагогической деятельности.
По окончанию адъюнктуры присваивается квалификация «Исследователь. Преподаватель-исследователь».
Большую работу по оформлению дел адъюнктов и соискателей осуществляет документовед Авдеева Наталья Юрьевна, которая также занимается планированием расписаний занятий и оформлением документации по кандидатским экзаменам.
За период существования адъюнктуры прошли обучение и успешно защитили диссертационные исследования более 30 офицеров.
С 2008 года в институте работает специальный диссертационный совет по защите докторских и кандидатских диссертаций ДС 215.007.06. Приказом Министерства образования и науки от 5 июля 2013 г. № 317/НП-147 специальному диссертационному совету института утверждены специальности 20.01.07 – «Военная экономика, оборонно-промышленный потенциал» (экономические науки) и 20.02.17 – «Эксплуатация вооружения и военной техники, техническое обеспечение» (технические науки).
За время работы совета защищено более 55 диссертаций. Председатель диссертационного совета – заместитель начальника Военной академии МТО по учебной и научной работе доктор военных наук, профессор, действительный член Академии военных наук генерал-майор запаса Целыковских Александр Александрович, ученый секретарь – профессор 6 кафедры (питания и хлебопечения) кандидат технических наук, профессор, член-корреспондент Академии военных наук, почетный профессор ВА МТО полковник запаса Павлюк Виктор Дмитриевич.
Необходимо отметить активизацию участия ученых института в деятельности общественных научных организаций. Действительными членами Академии военных наук (АВН) являются 1 человек, член-корреспондентами – 6 человек, профессорами – 38; профессорами Российской академии естествознания (РАЕ) – 9, в т. ч. почетный доктор – 1; членами Всероссийского общества изобретателей и рационализаторов – 10; членами «Российского союза инженеров» – 16 человек.
Приобщение к научной деятельности курсантов – одна из важных задач отдела, которой в настоящий период занимается председатель совета военно-научного общества курсантов (ВНОК) старший лейтенант Пришельцев Сергей Николаевич. Ежегодно разрабатываются тематики и планы работ ВНОК, контролируется его выполнение, подбираются курсанты, имеющие склонность к научным исследованиям. Ежегодно военно-научные работы курсантов института успешно участвуют во Всероссийский конкурс военно-научных работ слушателей и курсантов вузов МО РФ.
Одним из направлений научная деятельность в институте являются научные исследования, ориентированные на перспективу строительства системы материально-технического обеспечения ВС РФ, решение проблем его подготовки и применения, развитие теории и практики материально-технического обеспечения. Педагогическим составом проводятся исследования по 688 темам. Итоги обобщены в 65 проектах руководящих документов. Результаты исследований использованы в подготовке 45 научных конференций, 40 научно-технических сборниках, 4379 научных статьях (депонированных) и других материалах.
В этом заслуга документоведа Терентьевой Светланы Борисовны, которая оказывает помощь кафедрам в организации выполнения НИР, проводит рецензирование рефератов и статей, контролирует своевременность и качество разработки годовых планов НИР.
Структурным подразделением отдела является Бюро рационализации и изобретательства. Весомый вклад в развитие рационализаторства и изобретательства вносят ведущий инженер Авдонина Елена Владимировна и инженер Кордецкий Сергей Иванович. За последние пять лет новаторами института разработано и отправлено в Роспатент 82 заявки на объекты интеллектуальной собственности. Большинство заявок успешно прошли экспертизу, на 41 из них получены патенты и свидетельства о государственной регистрации программы для ЭВМ.
Представители института ежегодно принимают активное участие в крупных выставках интеллектуальной собственности с предоставлением своих разработок: Международной выставке-салоне средств обеспечения безопасности государства «INTERPOLITEX»; Международном форуме по интеллектуальной собственности «EXPOPRIORITY»; Международном салоне изобретений и инновационных технологий «АРХИМЕД»; Международном военно-техническом форуме «АРМИЯ».
Еще одним структурным научным подразделением отдела является Бюро военно-технической информации возглавляемое Гориной Еленой Валентиновной. Бюро выполняет работу по научно-информационному обеспечению, комплектованию информационных фондов, оказанию методической помощи научно-педагогическому составу и адъюнктам.
В разное время над решением задач, стоящих перед отделом, плодотворно трудились офицеры полковники запаса Павлюк В.Д. Р.В. Андроников, В.И. Дубков, М.С. Головешкин, А.Н. Гаврилов, Н.В. Терентьев; подполковники А.А. Молоканов, Ю.А. Кошинский, Д.В. Горин, А.А. Мищенко, Д.Н. Третяк; майоры Э.В. Коровин, А.В. Карпов, А.В. Бузанов, ст. лейтенант Рахматуллин Д.К. а также гражданский персонал института.